我院现有二级学科硕士学位授权点12个，除港口与近海工程暂未列入招生计划外，正式招生的有11个科学学位硕士研究生专业。另我院设有3个专业学位硕士研究生专业及4个工程硕士专业。
1、科学学位硕士专业

• 岩土工程
• 市政工程
• 水文学及水资源
• 水力学及河流动力学
• 水工结构工程
• 水利水电工程
• 工程安全与防护
• 水利信息技术
• 道路与铁道工程
• 环境工程
• 土地资源管理

2、专业学位硕士专业

• 建筑与土木工程
• 水利工程
• 交通运输工程

3、工程硕士专业

• 水利工程
• 环境工程
• 交通运输工程
• 建筑与土木工程