为了加强对历史学科的研究，加快人才培养、多出研究成果、发挥高等学校作为科研中心的作用，1984年郑州大学党委决定成立历史研究所。1984年11月被河南省人民政府批准成立，并于1984年12月26日举行建所庆祝会。历史研究所成立时设有中国古代史、中国古代经济史、考古学、世界史等教研室。1984—1997年，高敏先生任所长，1997年至2012年，袁祖亮先生任所长。2001年，响应郑州大学合并相近专业系所的号召，历史研究所并入郑州大学历史与考古系（现历史学院），成为现郑州大学的一个研究机构。

历史研究所是研究中国古代史的一个重镇。1996年郑州大学的第一个文科博士点——中国古代史博士点主要依托历史研究所获得批准。多位先生在此工作，成绩斐然。高敏先生在秦汉史、魏晋南北朝史领域享有盛誉，著有《云梦秦简初探》及增订本、《秦汉史论集》、《秦汉魏晋南北朝土地制度研究》、《魏晋南北朝社会经济史探讨》、《长沙走马楼简牍研究》等著作；杨天宇先生是国内著名三礼学专家，出版《周礼译注》、《礼记译注》、《郑玄三礼注研究》等著作；袁祖亮先生在秦汉史、人口史，尤其在中国古代人口史研究领域造诣颇深，著有《中国古代人口史专题研究》、《丝绸之路人口问题研究》、《人口研究论稿》，主编有《中国灾害通史（1-8卷）》，多卷本《中国人口通史》等著作；张旭华先生在魏晋南北朝选官制度、职官制度研究领域造诣很深，著有《九品中正制略论稿》、《九品中正制研究》、《中古时期清浊官制研究》等著作。此外，王兴亚先生、李友谋先生、詹方瑶先生、王蕴智先生、朱和平教授、靳松安教授、高凯教授等先后在此任教。

现历史研究所主要从事中国史，特别是中国古代史的研究。