郑州大学水利工程学科源于1959年成立的郑州大学水利系，历经郑州工学院水利工程系、水利与环境工程系、郑州工业大学水利与环境工程学院、郑州大学环境与水利学院、郑州大学水利与环境学院的沿革与变迁，发展成为现在的水利工程一级学科。该学科于2003年取得水工结构工程专业博士学位授予权；2005年取得水利工程一级学科博士学位授予权，涵盖水工结构工程、水文学及水资源、水利水电工程、水力学与河流动力学、港口海岸与近海工程、工程安全与管理、水利信息技术7个二级学科博士学位授权点。水利工程学科于2008年被评为河南省一级重点学科，在2008年全国高等学校学科评审中获得第9名，成为郑州大学4个进入全国高校前10名的学科之一，在2012年全国高等学校学科评审中再次获得前10名。2011年，郑州大学水利工程一级学科被列为郑州大学“重点学科振兴行动计划”重点培育建设的学科之一，2012年，随着郑州大学入选“中西部高校综合能力提升工程”，水利工程学科作为重要支持内容被列入该提升工程计划，于2012年获得河南省水利与交通基础设施工程安全与防护协同创新中心。