本学科主要着力于解决区域经济发展过程中的水环境问题，主要开展水环境污染的成因与特征、水污染控制的技术原理与新工艺、新技术、污水资源化、水环境修复技术等领域的研究，重点研究利用微生物处理有机废水的原理与技术，开发适合我国国情的新型水污染控制技术与工艺。其研究成果和特色表现在以下两个方面： ①高浓度工业废水处理及资源化技术研究 本方向研究以开发高效内循环厌氧反应器技术为核心，对高效内循环厌氧反应器的布水系统、三相分离器及反应器的流态、颗粒污泥的形成机理及极端环境下的培养方法、沼气发电及资源化利用技术等进行了深入研究，成功完成南阳普康等数十个企业的废水治理工程，取得了良好的社会效益和生态环境效益，本方向设计攻关的华中医药集团废水处理工程被评为中国环保百佳工程和河南省环保示范工程；②微污染水体的生态修复技术研究 本方向以人工湿地技术应用为研究核心，对潜流人工湿地、表流人工湿地、水耕型湿地等的污染物降解机理、湿地微生物种群分布等进行深入研究，研究成果已在新乡古固寨镇人工湿地处理工程、中牟县徐庄村人工湿地处理工程等项目中成功应用。