论文选题应服务于生物工程领域，应有一定的技术难度、先进性和工作量，能体现作者综合利用科学理论、方法和技术手段解决生物工程领域关键问题的能力。硕士生在撰写论文之前，必须经过认真的调查研究，查阅大量的文献资料，了解本人选题方向的历史和现状，在此基础上，确定自己的学位论文研究题目。学位论文选题须经导师审核同意，撰写开题报告。开题报告的内容应包括，拟定的学位论文题目；课题的研究意义、国内外研究现状分析；课题研究目标、研究内容、拟解决的关键问题；拟采取的研究方法、技术路线、方案及其可行性研究；课题的创新性；计划进度、预期进展和预期成果；与本课题有关的资料积累、已有的前期研究成果。由导师组对开题报告进行评议，给出结果：“同意”、“建议修改或补充”、“不同意”。论文开题一般应在第三学期之前完成，并报专业学位办公室备案。