创新中心设立中心办公室、自我服务中心、媒体宣传部、学术项目部和创新实践部等五个部门，各部门主要职责如下：

1.中心办公室：负责统筹研究生创新中心内部管理。其主要工作内容包括：（1）内部文化建设；（2）人员管理、培训、考核与酬金发放；（3）财务与设备管理；（4）会议室管理与会议安排；（5）活动材料、总结归档保存；（6）办公室值班安排与勤工管理；（7）创新中心网站运维。同时在南北校区各设立办公室，具体负责南北校区的相关事宜。

2.自我服务中心：负责校风校纪检查和宿舍文明卫生检查。设立宿舍文明卫生检查小组和校风校纪检查小组。宿舍文明卫生检查小组主要工作内容包括：（1）研究生宿舍检查工作，每月中旬组织进行一次宿舍检查，主要对宿舍内部的环境卫生、违章电器、用电安全等进行检查评比，并对评比结果予以公布；（2）开展宿舍文化建设活动。校风校纪检查小组主要工作内容包括：（1）研究生上课考勤情况检查；（2）开展学风建设相关活动。

3.媒体宣传部：负责郑州大学研究生媒体宣传工作。其主要工作内容包括：（1）“郑州大学研究生教育”微信公众号运营管理；（2）研究生重大活动摄影及新闻稿撰写、研究生毕业视频及其他相关视频的制作；（3）《郑州大学研究生》杂志编审等工作。

4.学术项目部：负责学校研究生学术创新活动举办和学术项目申报组织工作。其主要工作内容包括：（1）“学术与人生”讲座、学术沙龙、读书会、英语角等学术活动的举办；（2）研究生自主创新项目立项申报与项目考核。

5.创新实践部：负责各类研究生创新实践竞赛活动的组织工作。主要工作内容包括：（1）承办或协办中国研究生创新实践系列大赛以及其他各类创新实践竞赛的校内比赛；（2）协助开展中国研究生创新实践系列大赛国赛入围队伍培训工作；（3）协助开展各类创新实践竞赛省级、国家级赛事筹备工作；（4）开展竞赛宣讲与交流活动。