医学科学院设4个内设机构。
（一）党政办公室
医学科学院党政办公室是党委和行政的综合办事机构，是承上启下、联系左右、沟通内外的枢纽。其主要职能是围绕医科院中心工作，积极发挥参谋助手作用，做好组织协调、公文处理、联络接待、督查督办、信息报送、政策研究、重要会议及活动组织等综合协调服务工作，以及经费预算使用管理等工作。
具体职责包括：
一、负责与学校相关部门及校外单位的联络沟通，认真做好上情下达，下情上达工作，做好公文的收发、登记、运转与归档等工作。
二、负责医科院重大活动、重要会议，协调完成学术交流、学术论坛等会议会务工作。
三、负责起草医科院重要文件、工作报告、计划、总结及其他重要材料；统筹协调医科院的信息采编和相关材料的报送工作。
四、协助做好人才的招聘、引进工作；做好固定资产管理工作，协助完成医科院相关项目和设备的采购验收工作。
五、负责管理和使用医科院行政印章。
六、负责群众来电来信来访的接待、登记、办理、回复工作。
七、协助医科院领导组织开展政策研究和工作调研。
八、负责安排医科院节假日及重大事件期间值班工作。
九、负责医科院网站的信息更新及维护工作。
十、协助做好医科院经费预算、使用和管理工作，统筹管理学校对医学科研的重大项目经费。
十一、完成院领导安排的其它工作。
（二）学科与一流建设办公室
医学科学院学科与一流建设办公室是对医学学科建设进行规划和管理的办事机构。主要职能是围绕一流学科建设，谋划学科布局、做好组织协调、督查督办、信息报送、学科相关会议及活动的组织等工作。
具体职责包括：
一、制定学科建设规划和管理制度。
二、组织协调省级、校级优势特色学科建设和评估。
三、组织协调医学领域重大科研项目和重大成果的申报和推荐。
四、各类学科项目的立项、建设与管理。
五、制定高层次人才引进、培养、评价的制度。
六、医学科研平台及跨学科协同创新平台的规划、建设与管理。
七、统筹一流学科建设任务推进和评估验收。
八、完成院领导安排的其它工作。
（三）科研办公室
医学科学院科研办公室是郑州大学医学科学院的科研管理机构。其主要职能是围绕学校医学的中心工作，积极做好医学科研的组织协调管理工作、医学科研平台的管理工作、项目的申报及管理工作、成果的申报及管理工作和科研学术交流工作。
具体职责包括：
一、在医学科学院党委和行政领导下，在学校科技处的指导下，负责制定和落实郑州大学医学科研发展的规划和年度计划，完善郑州大学医学科研管理制度;
二、推动基础医学研究与临床医学研究的结合；组织开展重大疾病的基础和临床研究;
三、积极组织各级各类科研申报、评选和推荐工作；组织跨学科重大科研项目的申报;积极组织项目的中期考核及结项工作；
四、积极组织医学类报奖评奖等工作；做好科研信息传递、科技统计和成果管理工作;
五、加强知识产权管理，做好科研成果的推广转化，推动产学研合作，为地方经济建设和社会发展作贡献;
六、负责医学科学院所属科研平台的管理和运行工作；
七、组织国内外学术交流活动，促进医学研究的国际影响力;
八、完成院领导交办的其他科研相关工作。
（四）研究生办公室
医学科学院研究生办公室是郑州大学医学科学院的医科研究生管理机构。其主要职能是在学校研究生院（党委研究生工作部）的指导下，做好医学研究生的招生、培养和管理工作。对医学研究生教育资源进行统筹规划、建设与管理，积极开展教学研究和教学督导工作。
具体职责包括：
一、执行上级主管部门的招生政策，负责医学研究生的招生计划的申报与分配、招生简章和招生专业目录的编制以及招生宣传和咨询工作；组织研究生指导教师招生资格的认定；组织医学科学院（学术学位，代码040）目录下博士和硕士研究生的招生及录取等相关工作；开展高水平大学研究生生源交流和合作工作；研究生录取上报和招生信息统计。
二、负责研究生培养方案制定、课程体系建设、研究生教学管理（迎新与入学教育、教学任务安排、培养环节的管理、考试、成绩管理等）、研究生学籍管理；组织研究生参与国内外各类竞赛；研究生培养过程、培养质量和发展质量监控与评估；研究生教学研究与改革（教师教改项目、精品课程、名师讲坛）、研究生教育创新工程（各类研究生创新项目、暑期学校、创新论坛等）；研究生培养条件和基地建设。
三、组织研究生国内外联合培养与交流，公派出国（境）选派及自费出国留学的审批、审核，促进各类海外访学项目的实施开展，加强对国际留学硕士生和博士生的培养。
四、负责医学学术学位授权点申报、评估；学位论文质量监督与评估（预审预答辩、学术不端行为检测、答辩、论文抽检）；优秀博士、硕士学位论文评选与推荐；博/硕士研究生学位授予，研究生导师管理等。
五、负责研究生奖惩工作，包括各类奖助贷的评定与发放，研究生综合素质测评，评优评先，勤工助学岗位管理等；对研究生违规违纪行为进行教育、引导和处理。
六、负责研究生思想教育及安全稳定工作，把握学生思想特点，开展富有成效和特色的学生思想政治教育工作，开展各项文化体育活动，促进精神文明建设，培养德才兼备、全面发展的高层次人才。
七、做好毕业生就业指导、跟踪调查与信息反馈等工作，拓展就业渠道，组织各类宣讲会、招聘会，积极开展就业工作的校内外交流，促进学生就业及进一步深造。
八、日常事务管理工作。
九、完成院领导安排的其它工作。
